殺菌消毒，儲藏佛手瓜前，需先對種瓜進行殺菌消毒處理，並套上一層塑料袋；儲存方法，可放入水缸中進行儲存，將室溫5～10℃之間;挑選種瓜，需選擇生長健壯的果實，單果重量控制在500g左右；處理種瓜，可將其放置到通風陰涼的環境下風乾，避免強光暴曬。
1、殺菌消毒
對佛手瓜種瓜進行儲藏前，需先進行殺菌消毒處理，避免儲存過程中種瓜出現腐爛的狀況。並且還需對容器進行消毒處理，並在種瓜上方套上一層塑料袋，以減少病菌的滋生和傳播。
2、儲存方法
在北方儲存佛手瓜種子時，可採取缸藏或沙藏的方法進行儲存，儲存時，需將室溫控制在5～10℃之間，再將裝有種子的容器放置到通風陰涼的環境中，待初霜來到後，還需在種子四周覆蓋煤灰或稻草進行保暖。
3、挑選種瓜
爲佛手瓜留種時，需選擇生長健壯、表皮光滑。蠟質較多且沒有病害侵襲的果實，避免在儲存期間出現腐爛發黑的狀況，種瓜的單果重量需控制在500g左右。
4、處理種瓜
挑選完成後，需將種瓜放置到通風陰涼的環境下晾乾，等待種瓜慢慢成熟。注意在風乾的過程中需避免強光暴曬，否則會導致種瓜流失大量水分，出現乾癟發軟的狀況。
