遺傳優良特性，自根砧蘋果苗的矮化砧會直接從母株上分離出來，就可繼承母株中的優良特性；矮化效果顯著，自根砧蘋果苗的品種會直接嫁接到矮化砧的根系上，矮化的效果就會更好；整齊度高，自根砧通過無性繁殖，所以苗木一致性高；早果豐產，自根砧的主幹長勢會更好，產量更多。
1、遺傳優良特性
自根砧蘋果苗的矮化砧大多數都是從母株上面分離下來的，這個過程中不會產生性細胞的結合以及減數的分裂。染色體也還沒有重新進行組合，僅僅進行了簡單的有絲分裂，新形成的植株和母株的特性完全相同。
2、矮化效果顯著
適合密植栽培的自根砧蘋果苗是把品種直接嫁接到矮化砧的根系上面，矮化的效果就不會被砧段長度限制。苗木的矮化效應就會更好，矮化效果也會更加顯著，而蘋果矮化中間砧苗木的矮化效果各不相同。
3、整齊度高
自根砧蘋果苗的砧木通過無性繁殖，所以植株間的遺傳差異較小，苗木具有較高的一致性。果園的整齊度也較高果實個體較為均與一致，但是矮化的中間砧蘋果苗的果園整齊度較差。
4、早果豐產
自根砧的蘋果苗的主幹長勢更好且產量也高，著色速度快，糖度較高，果實個體比較均勻。由於矮化的自根砧苗木的長勢較快，適合通過紡錘形進行整形，且果園就會更加方便管理，獲得的經濟收益會更高。
