番茄主要的病蟲害有番茄晚疫病、病毒病、青枯病、灰黴病、綿腐病、棉鈴蟲、白粉蝨等等。番茄晚疫病是由真菌引起的，主要危害葉片和果實，也能為害莖和葉柄，該病多發於高溫高溼的環境，最適發溫度18~25℃，相對溼度在95%以上，需清除病殘體，發病季節及時摘除病葉病果深埋，收穫後及時清除病殘體。
病毒病：病毒病是由病毒引起的病害，在田間主要表現的症狀是花葉、蕨葉、條紋、叢生、卷葉、黃頂，該病喜歡高溫乾旱環境，夜溫和地溫偏高，少雨，蚜蟲多的時候發生較為嚴重，需科學管理，培育壯苗，增施磷鉀肥，促進植株生長健壯，以提高抗病能力。
青枯病：青枯病是由細菌引起的，是細菌性維管束組織病害，初始頂部新葉萎蔫下垂，後下部葉片發展產生凋萎，接下來才是中部葉片產生凋萎，發病後葉片色澤較淡，呈青枯狀，需加強肥水管理。整治排灌系統，高畦深溝栽培，防止漫灌串灌。
